Avaliação de marcadores RAPD para análises de diversidade genética de Hoplias malabaricus
Palavras-chave:
Traíra, Diversidade genética, Polimorfismo genéticoResumo
Trabalhos recentes sugerem que a espécie Hoplias malabaricus, da família Erythrinidae seja um complexo de espécies. Assim, objetivou-se investigar a viabilidade do uso de marcadores RAPD-PCR na determinação da variabilidade genética de H. malabaricus em três igarapés da bacia do rio Madeira. Foram coletados 15 espécimes de 3 igarapés diferentes da bacia, cujos DNAs genômico foram amplificados utilizando 12 sequências RAPD, das quais foram selecionadas quatro para as análises estatísticas. A partir da utilização de softwares específicos foram determinadas a porcentagem de polimorfismo, similaridade e distância genética entre os espécimes, bem como os valores de PIC e heterozigosidade. Foi possível observar um alto grau de polimorfismo (95% dos loci) e a divisão das amostras em quatro subgrupos, condizentes com os locais de coletas. Os dados obtidos sugerem que os iniciadores OPB5, OPB7, OPB9 e OPB10 podem ser úteis no estudo da diversidade genética entre populações de H. malabaricus.
Referências
[1] HORBE, A. M. C. et al. Geoquímica das águas do médio e baixo rio Madeira e seus principais tributários - Amazonas - Brasil. Acta Amazonica, v. 43, n. 4, p. 489–504, 2013.
[2] RAPP P.D.L. 2007. Capítulo 3. Caracterização da área amostrada. p. 35-42. In: Rapp P.D., L.; DEUS, C.P.; HENRIQUES, A.L.; PIMPÃO, D.M.; RIBEIRO, O.M. (orgs.). Biodiversidade do Médio Madeira: Bases científicas para propostas de conservação. INPA: Manaus, 244pp.
[3] QUEIROZ, L. J. et al. Peixes do rio madeira VOLUME I. v. I, p. 402, 2013.
[4] BAUMGARTNER, G. et al. Peixes do baixo rio Iguaçu. Maringá: Eduem, 2012. 203 p.
[5] MARTINEZ, J. F. et al. Comparative Cytogenetics of Hoplerythrinus unitaeniatus (Agassiz, 1829) (Characiformes, Erythrinidae) Species Complex from Different Brazilian Hydrographic Basins. Cytogenetic and Genome Research, v. 149, n. 3, p. 191–200, 2016.
[6] QUEIROZ, L. J. DE. Peixes do rio Madeira vII. v. I, p. 354, 2014.
[7] BERTOLLO, L. A. C. et al. A biodiversity approach in the neotropical Erythrinidae fish, Hoplias malabaricus. Karyotypic survey, geographic distribution of cytotypes and cytotaxonomic considerations. Chromosome Research, v. 8, n. 7, p. 603–613, 2000.
[8] VITORINO, C. D. E. A. O USO DE MARCADORES CITOGENÉTICOS BÁSICOS E MOLECULARES PARA A CARACTERIZAÇÃO DE UMA POPULAÇÃO DE Hoplias malabaricus. p. 69, 2010.
[9] GONDIM, S. G. et al. Development of microsatellite markers for Hoplias malabaricus (Erythrinidae). Genetics and molecular research : GMR, v. 9, n. 3, p. 1513–1517, 2010.
[10] LACERDA, D. R.; ACEDO, M. D. P.; LOVATO, M. B. A técnica de RAPD : uma ferramenta molecular em estudos de conservação de plantas. Revista Brasileira de Plantas Medicinais, v. 3, n. 2, p. 87–92, 2002.
[11] NUNES, A. M. et al. Caracterizaçao molecular de butiazeiro por marcadores RAPD. Revista Brasileira de Fruticultura, v. 30, n. 3, p. 702–707, 2008.
[12] WILLIAMS, J.G.K. et al. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research, [s.l.], v. 18, n. 22, p.6531-6535, 1990. Oxford University Press (OUP). http://dx.doi.org/10.1093/nar/18.22.6531.
[13] AKTER, S. et al. Genetic Characterization of Critically Endangered Puntius sarana (Hamilton) and the Exotic Barbonymus gonionotus (Bleeker) (Cyprinidae: Cypriniformes) by DNA Fingerprinting. International Journal Of Biosciences, Agriculture And Technology, [s.l.], v. 2, n. 3, p.21-27, jan. 2010.
[14] DOYLE, J.J.; DOYLE, J.L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, v.19, p.11-15, 1987.
[15] Hammer, Ø., Harper, D.A.T. & Ryan, P.D. 2001. PAST: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis. Palaeontologia Electronica 4: 1–9. Available at: http://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm Acesso em: 13 set 2019..
[16] AMIRYOUSEFI A, Hyvönen J, Poczai P. iMEC: Online Marker Efficiency Calculator. Appl Plant Sci. 2018;6(6):4–7. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6025818/pdf/APS3-6-e01159.pdf Acesso em: 29 out 2019.
[17] LIU, Z.j et al. Random amplified polymorphic DNA markers: usefulness for gene mapping and analysis of genetic variation of catfish. Aquaculture, [s.l.], v. 174, n. 1-2, p.59-68, abr. 1999. Elsevier BV. http://dx.doi.org/10.1016/s0044-8486(99)00007-1.
[18] DERGAM, J. A. et al. Molecular biogeography of the Neotropical fish Hoplias malabaricus (Erythrinidae: Characiformes) in the Iguaçu, Tibagi, and Paraná Rivers. Genetics And Molecular Biology, São Paulo, v. 21, n. 4, p.493-496, dez. 1998. FapUNIFESP (SciELO). http://dx.doi.org/10.1590/s1415-47571998000400015.
[19] POVH, J. A. et al. Estimativa da variabilidade genética em linhagens de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus) com a técnica de RAPD. Acta Scientiarum. Animal Sciences, Maringá, v. 27, n. 1, p.1-10, 20 mar. 2005. Universidade Estadual de Maringa. http://dx.doi.org/10.4025/actascianimsci.v27i1.1236.
[20] TELLES, M. et al. Marcadores RAPD na Análise da Divergência Genética Entre Raças de Bovinos e Número de Locos Necessários Para a Estabilidade da Divergência Estimada. Ciência Animal Brasileira, [s.l.], v. 2, n. 2, p. 87-95, out. 2006. Disponível em: https://www.revistas.ufg.br/vet/article/view/269 Acesso em: 15 out 2019.
[21] BOTREL, Maria Carolina Gaspar et al. Caracterização genética de Calophyllum brasiliense Camb. em duas populações de mata ciliar. Revista Árvore, Viçosa, v. 30, n. 5, p.821-827, out. 2006. FapUNIFESP (SciELO). http://dx.doi.org/10.1590/s0100-67622006000500016.
[22] CARVALHO, M.F. et al. Aplicação da análise multivariada em avaliações de
divergência genética através de marcadores moleculares dominantes em plantas
medicinais. Revista Brasileira de Plantas Medicinais, [s.l.], v. 11, n. 3, p.339-346,
2009. FapUNIFESP (SciELO). http://dx.doi.org/10.1590/s1516-05722009000300017.
[23] FERREIRA JÚNIOR, E.V. et al. Composição, diversidade e similaridade florística de uma floresta tropical semidecídua submontana em Marcelândia - MT. Acta Amazonica, [s.l.], v. 38, n. 4, p.673-679, dez. 2008. FapUNIFESP (SciELO). http://dx.doi.org/10.1590/s0044-59672008000400010.
[24] SANTOS, U. et al. Caracterização E Comparação Citogenética Em População De Hoplias Malabaricus ( Pisces , Erythrinidae ) No Rio Pará : Bacia Do Alto São Francisco , Mg . Anais do VIII Congresso de Ecologia do Brasil, Coxambu, p. 1–2, 2007.
[25] MENEZES, M. P. C. Variabilidade e relações genéticas entre raças caprinas nativas brasileiras, ibéricas e canárias. 2005. 110f. Tese (Doutorado em Produção Animal) – Universidade Federal da Paraíba, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Universidade Federal do Ceará, Areia.
[26] POWELL, Wayne et al. The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, [s.l.], v. 2, n. 3, p.225-238, 1996. Springer Nature. http://dx.doi.org/10.1007/bf00564200.
[27] BOTSTEIN, D.; WHITE, R. L.; SKOLNICK, M.; DAVIS, R. W. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Jornal Human Genetic, v. 32, p. 314–331. 1980.
[28] GRATIVOL, C.; LIRA-MEDEIROS, C. F.; HEMERLY, A. S.; FERREIRA, P. C. G. High efficiency and reliability of inter-simple sequence repeats (ISSR) markers for evaluation of genetic diversity in Brazilian cultivated Jatropha curcas L. accessions. Molecular Biology Rep, v. 10, p. 547-557. 2010.
[2] RAPP P.D.L. 2007. Capítulo 3. Caracterização da área amostrada. p. 35-42. In: Rapp P.D., L.; DEUS, C.P.; HENRIQUES, A.L.; PIMPÃO, D.M.; RIBEIRO, O.M. (orgs.). Biodiversidade do Médio Madeira: Bases científicas para propostas de conservação. INPA: Manaus, 244pp.
[3] QUEIROZ, L. J. et al. Peixes do rio madeira VOLUME I. v. I, p. 402, 2013.
[4] BAUMGARTNER, G. et al. Peixes do baixo rio Iguaçu. Maringá: Eduem, 2012. 203 p.
[5] MARTINEZ, J. F. et al. Comparative Cytogenetics of Hoplerythrinus unitaeniatus (Agassiz, 1829) (Characiformes, Erythrinidae) Species Complex from Different Brazilian Hydrographic Basins. Cytogenetic and Genome Research, v. 149, n. 3, p. 191–200, 2016.
[6] QUEIROZ, L. J. DE. Peixes do rio Madeira vII. v. I, p. 354, 2014.
[7] BERTOLLO, L. A. C. et al. A biodiversity approach in the neotropical Erythrinidae fish, Hoplias malabaricus. Karyotypic survey, geographic distribution of cytotypes and cytotaxonomic considerations. Chromosome Research, v. 8, n. 7, p. 603–613, 2000.
[8] VITORINO, C. D. E. A. O USO DE MARCADORES CITOGENÉTICOS BÁSICOS E MOLECULARES PARA A CARACTERIZAÇÃO DE UMA POPULAÇÃO DE Hoplias malabaricus. p. 69, 2010.
[9] GONDIM, S. G. et al. Development of microsatellite markers for Hoplias malabaricus (Erythrinidae). Genetics and molecular research : GMR, v. 9, n. 3, p. 1513–1517, 2010.
[10] LACERDA, D. R.; ACEDO, M. D. P.; LOVATO, M. B. A técnica de RAPD : uma ferramenta molecular em estudos de conservação de plantas. Revista Brasileira de Plantas Medicinais, v. 3, n. 2, p. 87–92, 2002.
[11] NUNES, A. M. et al. Caracterizaçao molecular de butiazeiro por marcadores RAPD. Revista Brasileira de Fruticultura, v. 30, n. 3, p. 702–707, 2008.
[12] WILLIAMS, J.G.K. et al. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research, [s.l.], v. 18, n. 22, p.6531-6535, 1990. Oxford University Press (OUP). http://dx.doi.org/10.1093/nar/18.22.6531.
[13] AKTER, S. et al. Genetic Characterization of Critically Endangered Puntius sarana (Hamilton) and the Exotic Barbonymus gonionotus (Bleeker) (Cyprinidae: Cypriniformes) by DNA Fingerprinting. International Journal Of Biosciences, Agriculture And Technology, [s.l.], v. 2, n. 3, p.21-27, jan. 2010.
[14] DOYLE, J.J.; DOYLE, J.L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, v.19, p.11-15, 1987.
[15] Hammer, Ø., Harper, D.A.T. & Ryan, P.D. 2001. PAST: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis. Palaeontologia Electronica 4: 1–9. Available at: http://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm Acesso em: 13 set 2019..
[16] AMIRYOUSEFI A, Hyvönen J, Poczai P. iMEC: Online Marker Efficiency Calculator. Appl Plant Sci. 2018;6(6):4–7. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6025818/pdf/APS3-6-e01159.pdf Acesso em: 29 out 2019.
[17] LIU, Z.j et al. Random amplified polymorphic DNA markers: usefulness for gene mapping and analysis of genetic variation of catfish. Aquaculture, [s.l.], v. 174, n. 1-2, p.59-68, abr. 1999. Elsevier BV. http://dx.doi.org/10.1016/s0044-8486(99)00007-1.
[18] DERGAM, J. A. et al. Molecular biogeography of the Neotropical fish Hoplias malabaricus (Erythrinidae: Characiformes) in the Iguaçu, Tibagi, and Paraná Rivers. Genetics And Molecular Biology, São Paulo, v. 21, n. 4, p.493-496, dez. 1998. FapUNIFESP (SciELO). http://dx.doi.org/10.1590/s1415-47571998000400015.
[19] POVH, J. A. et al. Estimativa da variabilidade genética em linhagens de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus) com a técnica de RAPD. Acta Scientiarum. Animal Sciences, Maringá, v. 27, n. 1, p.1-10, 20 mar. 2005. Universidade Estadual de Maringa. http://dx.doi.org/10.4025/actascianimsci.v27i1.1236.
[20] TELLES, M. et al. Marcadores RAPD na Análise da Divergência Genética Entre Raças de Bovinos e Número de Locos Necessários Para a Estabilidade da Divergência Estimada. Ciência Animal Brasileira, [s.l.], v. 2, n. 2, p. 87-95, out. 2006. Disponível em: https://www.revistas.ufg.br/vet/article/view/269 Acesso em: 15 out 2019.
[21] BOTREL, Maria Carolina Gaspar et al. Caracterização genética de Calophyllum brasiliense Camb. em duas populações de mata ciliar. Revista Árvore, Viçosa, v. 30, n. 5, p.821-827, out. 2006. FapUNIFESP (SciELO). http://dx.doi.org/10.1590/s0100-67622006000500016.
[22] CARVALHO, M.F. et al. Aplicação da análise multivariada em avaliações de
divergência genética através de marcadores moleculares dominantes em plantas
medicinais. Revista Brasileira de Plantas Medicinais, [s.l.], v. 11, n. 3, p.339-346,
2009. FapUNIFESP (SciELO). http://dx.doi.org/10.1590/s1516-05722009000300017.
[23] FERREIRA JÚNIOR, E.V. et al. Composição, diversidade e similaridade florística de uma floresta tropical semidecídua submontana em Marcelândia - MT. Acta Amazonica, [s.l.], v. 38, n. 4, p.673-679, dez. 2008. FapUNIFESP (SciELO). http://dx.doi.org/10.1590/s0044-59672008000400010.
[24] SANTOS, U. et al. Caracterização E Comparação Citogenética Em População De Hoplias Malabaricus ( Pisces , Erythrinidae ) No Rio Pará : Bacia Do Alto São Francisco , Mg . Anais do VIII Congresso de Ecologia do Brasil, Coxambu, p. 1–2, 2007.
[25] MENEZES, M. P. C. Variabilidade e relações genéticas entre raças caprinas nativas brasileiras, ibéricas e canárias. 2005. 110f. Tese (Doutorado em Produção Animal) – Universidade Federal da Paraíba, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Universidade Federal do Ceará, Areia.
[26] POWELL, Wayne et al. The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, [s.l.], v. 2, n. 3, p.225-238, 1996. Springer Nature. http://dx.doi.org/10.1007/bf00564200.
[27] BOTSTEIN, D.; WHITE, R. L.; SKOLNICK, M.; DAVIS, R. W. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Jornal Human Genetic, v. 32, p. 314–331. 1980.
[28] GRATIVOL, C.; LIRA-MEDEIROS, C. F.; HEMERLY, A. S.; FERREIRA, P. C. G. High efficiency and reliability of inter-simple sequence repeats (ISSR) markers for evaluation of genetic diversity in Brazilian cultivated Jatropha curcas L. accessions. Molecular Biology Rep, v. 10, p. 547-557. 2010.
Downloads
Publicado
2021-06-27
Como Citar
Faustino Lima, B., Mendonça, A. G. ., Guzman, R. M. R., Santos-Catâneo, D. T. dos ., Dória, C. R. da C., & Pagotto, R. de C. (2021). Avaliação de marcadores RAPD para análises de diversidade genética de Hoplias malabaricus . South American Journal of Basic Education, Technical and Technological, 6(2), 299–310. Recuperado de https://periodicos.ufac.br/index.php/SAJEBTT/article/view/3018
Edição
Seção
Ciências Biológicas
